斑馬魚不僅可以適用于多種藥物種類，還能進行多種類型的藥效學評價和安全性評價。藥物類型包括中藥、天然產物、小分子藥和成品藥物（新適應癥開發(fā)）。

藥效學評價涉及領域：腫瘤、眼科、骨科、耳科、中樞神經、消化系統(tǒng)、脂質代謝、皮膚色素、組織再生、免疫與炎癥等。

此外通過斑馬魚實驗在早期能快速發(fā)現安全性不佳（干擾胚胎發(fā)育、引起表型變化等）的候選化合物，可以有效降低后期研發(fā)失敗風險和成本，美國食品藥品監(jiān)督管理局（FDA）已經越來越多地應用斑馬魚對臨床前藥物進行安全性與毒理性評價。如美國FDA國際毒理研究中心（NCTR）評價氯胺酮（ketamine，一種被美國FDA嚴格管制的兒科麻醉劑）對斑馬魚心血管和神經系統(tǒng)的毒性，結果發(fā)現氯胺酮能夠降低斑馬魚的心率，減少斑馬魚的運動神經元數量，和人類臨床試驗完全一致。